سقط المتحف البحري القومي من أجندة فاروق حسني- وزير الثقافة- وكلٍّ من المجلس الأعلى للآثار وصندوق التنمية الثقافية.

وتهمس الأحاديث في أروقة الأثريين أن المتحف يعاني من الإهمال؛ لعدم وجود "استفادات" خاصة من ورائه!!.

ومشروع المتحف القومي البحري بالإسكندرية هو أحد المتاحف التي صدر لها قرارٌ جمهوريٌّ بالإنشاء، وخُصِّصت له استراحة الأمير يوسف كمال في ستانلي بالإسكندرية، وبدأ تنفيذ الفكرة عام 1986م بهدف استعراض تاريخ البحرية المصرية منذ أقدم العصور وحتى العصر الحديث، والتركيز على المعارك البحرية التي خاضتها القوات البحرية في فترة الاستنزاف وحرب 1973م.

وقد بدأت الدراسة بحصر جميع المواد المتحفية التي يمكن أن تخدم الهدف من إنشاء المتحف، وتشكَّلت عدة لجان، وقامت بالفعل باختيار مجموعاتٍ من العصور المختلفة وحصر بعض القطع التي خرجت من مصر إلى الخارج، وكان الهدف من المتحف أيضًا عرض بعض الآثار الغارقة بالإسكندرية، سواءٌ في الميناء الشرقي أو أبو قير، مثل سفينة القيادة الخاصة بنابليون في معركة أبو قير البحرية.

ورغم أهمية المتحف فقد سقطت من خريطة المجلس الأعلى للآثار الخاصة بإنشاء وتطوير المتاحف منذ عام 1986م وحتى ما يزيد على عشرين عامًا، ورغم أن هناك 49 نموذجًا تكلَّفت الكثير، وتم تشوينها منذ هذا التاريخ وحتى الآن.