مضى على اعتقال الشيخ سمير مصطفي ٥ سنوات في سجون الانقلاب؛ حيث جرى اختطافه  من مطار القاهرة حين كان متوجها لأداء العمرة في 2017، رمضان 1438 هـ، ووجهت له بعض التهم الجاهزة والمعلبة التي لا أساس لها من الصحة وتم تبرئته منها، ثم أدخلوه في غيرها بالتدوير.
وتناسب اليوم الاثنين 28 فبراير 2022، تصريحا لمحاميه خالد المصري الذي كتب عبر حسابه "حضرت اليوم الجلسة مع الشيخ #سمير_مصطفى وطلبت زيارته وزرته بفضل الله واطمأننت عليه وعلى صحته وهو يرسل سلامه للجميع".
وقال نشطاء إن الشيخ من علماء السلف وهو من أهل حلوان وحفظ القرآن، وله سلاسل علمية كثيرة من أشهرها السيرة النبوية وله مئات الساعات الصوتية والمرئية في الوعظ وغيره وقد تحدث عن ابن القيم في ٧ محاضرات زادت عن ٨ ساعات، وقد أعتقل في ٢ رمضان ١٤٣٨ هـ ولم يخرج حتى الآن.