أعلن الرئيس محمد مرسي أنه كلف رئيس الوزراء بالتحرك إلى موقع حادث قطار أسيوط واتخاذ اللازم قائلاً: "سوف يحاسب المسئول عن هذا الحادث".

وأوضح في تغريدة عبر صفحته الرسمية على موقع "تويتر" أنه كلف جميع الجهات التنفيذية المعنية باتخاذ كافة الإجراءات لتعويض أسر الضحايا والمصابين وتذليل كافة العقبات لهم، مشددًا على  تحويل المسئولين إلى النيابة العامة للتحقيق وسرعة الإنجاز في التحقيقات لمعرفة المتسبب في هذا الحادث الأليم، معلنًا قبوله لاستقالة وزير النقل ورئيس هيئة السكة الحديد.

وقال الرئيس: بالأصالة عن نفسي وبالنيابة عن الشعب المصري كله أتقدم بخالص العزاء والمواساة لأسر وأبناء الضحايا والمصابين في هذا الحادث الأليم، مشيرًا إلى أنه تابع بكل الأسى والحزن منذ الصباح الباكر ما وقع صباح اليوم من حادث أليم.